【摘 要】
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目的通过对三叶青转录组数据的分析,开发三叶青SSR分子标记技术,为三叶青遗传多样性分析和资源保护提供方法。方法将三叶青高通量测序获得的Unigene进行简单重复序列(SSR)位
【基金项目】
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福建省科技厅自然科学基金项目(No:2016J01351);福建省属公益类科研所基本科研专项(No:2015R1031-3)
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目的通过对三叶青转录组数据的分析,开发三叶青SSR分子标记技术,为三叶青遗传多样性分析和资源保护提供方法。方法将三叶青高通量测序获得的Unigene进行简单重复序列(SSR)位点挖掘和分析。结果在84 433条Unigene搜索出8 263条符合条件的SSR,发生频率为9.79%,平均每11.72 kb中出现1个SSR位点。共有174种重复基元,四核苷酸重复基元最多有68种,(A/T)n、(T/A)n、(GA/TC)n的比例较高,四、五、六核苷酸出现频率较低占比例为1.61%。SSR的长度集中在10~24 bp,其中10 bp最多有1 531个,其次为15 bp,为1 042个,11、12、14、18 bp的个数超过500个,分别为689、970、576、895。三叶青SSR长度在12~20 bp为4 880条,占59.02%,在理论上具有中等以上的多态性。结论通过对三叶青转录组序列SSR信息分析和挖掘,为三叶青遗传多样性分析、分子育种、分子标记开发及遗传资源保护等方面提供了参考依据。
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