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对西宁地区平菇病原微生物的调查研究结果，平菇菌种培养和菌丝发育阶段易污染病原微生物，主要有３属细菌（假单胞菌，芽孢杆菌，黄单胞菌）和１４属真菌（根霉、毛霉、酵母菌、木霉、青霉、曲霉、链孢霉、疣孢霉、轮枝霉、镰刀菌、菌褶头孢霉、白色石膏霉、疣孢褐盘菌、鬼伞）。在子实体形成和成熟采收阶段病原菌蔓延尤甚，给平菇生产造成极大危害。