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由于中医的“整体观”和中药复方的复杂非线形特征，采用常规药理指标对中药复方的效应进行评价存在着局限性，而现代医学越来越多地采用系统生物学方法对疾病和药物效应进行研究．使得两个医学体系在整体观和方法学上逐渐走向沟通、互补和融合，为中药复方整体效应评价方法的创新提供了契机。通过研究本文提出了采用系统生物学的策略和方法，基于疾病和药物干预下的系统代谢网络的整体性和动态性的变化评价中药整体效应，从而揭示中医“证”的内涵，解释中药复方对疾病的治疗作用，以及指导中药的安全用药。