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针对水声通信中继系统中系统容量和中继选择问题，本文提出了一种基于中继选择的资源分配算法。首先将每条中继链路的信道增益等效为虚拟直传链路的信道增益，然后在等功率分配的前提下，根据信道信息最佳原则，提出了一种中继选择及资源分配的多用户迭代算法，以实现对每个用户的传输链路进行选择和子载波分配，最后通过线性迭代注水算法进行功率分配。仿真结果表明，所提算法在保证目标速率的前提下，提升了系统容量。