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第三军医大学西南医学全军感染病研究所实验室成立于1955年，现为重庆市感染病研究重点实验室。所依托的学科为博士和硕士授予权学科及博士后流动站，1995年被批准为全军传染病专科中心，1998年成为重庆市首批重点学科，1999年成为重庆市肝病研究所，2000年被批准为全军感染病研究所及军队“重中之重”建设学科，2007年成为国家重点学科。