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马铃薯Y病毒(PVY)是侵染马铃薯的重要病毒之一，严重影响马铃薯的生产。本文通过对PVY病毒N株系(PVY^N)与O株系(PVY^0)的基因序列进行比较，在其外壳蛋白同源区设计一对通用引物，建立了PVY病毒的RT-PCR检测体系。另外在N株系与O株系同源区设计一条3’引物，选择N株系与O株系差异区设计两条5’端引物，建立了可鉴定PVY^N与PVY^0的复合RT-PCR体系。这个体系的建立，对于马铃薯脱毒苗的检测与PVY病毒的调查及病理研究都具有一定的应用价值。