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随机聚点搜索算法是一种普遍的全局极小化方法 ,在目标函数自变量数目不很大时 ,计算效率较高。将该算法应用于分子对接 ,首先要通过模型分子对接 ,反复调整算法各控制参数使效率最高。对于HIV -1蛋白酶与苯甲醚配体的刚性对接 ,算法成功的找到了相互作用能量全局极小 ,与晶体结构的均方根偏差(RMSD)仅0.2 。这表明 ,该算法可高效率找到分子对接的能量最适构型。