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采用RAPD和ISSR分子标记对16份辣木种质资源进行亲缘关系分析。结果表明:7个RAPD和9个ISSR引物共扩增137条带,多态性比率为75.18%。ISSR检测的多态性效果高于RAPD,二者具有遗传相似性。此外,两种标记整合后聚类分析将16份辣木品系分为3个组,其中来自卢旺达的7号和非洲辣木归为一个分支,为非洲种,与其他样品具有较远的亲缘关系,而引自台湾,泰国和缅甸的样品则与印度改良种PKM系列具有较近的亲缘关系。此外,红绿杆、大叶、大果等形态特征并不能很好进行区分,表明其变异可能与遗传无关。