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介绍了该系统中控制子系统的设计与实现。控制子系统可分为水下监测数据采集平台和水上通讯平台两部分,分别实现水下垂直剖面监测数据的获取以及监测数据的就地存储与卫星通讯。水上、水下平台均采用接口资源丰富的AT91SAM9260作为核心芯片,以满足多种剖面数据的采集、存储以及通讯需求。实验表明,控制子系统功能完善,运行稳定,达到设计要求。