【摘 要】
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为了开发稳定可靠、操作简便的大豆分子标记,以12份地理来源不同的大豆种质资源为材料,通过基因组10倍深度重测序开发长片段插入/缺失(InDel)标记,并应用2018年黄淮海大豆多点鉴定96份参试品系DNA指纹图谱构建.结果表明,在参试材料中,共检测到插入/缺失片段长度大于20 bp的InDel标记66561个,平均每条染色体InDel标记的数量为3262个;位于内含子的InDel占比12.35％,位于基因上游序列和下游序列的InDel占比分别为25.83％,20.44％,位于基因间隔区的InDel占比34
【机 构】
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华北作物改良与调控国家重点实验室,河北省植物生理与分子病理学重点实验室,河北农业大学 生命科学学院,河北 保定 071001;河北省农林科学院 粮油作物研究所,国家大豆改良中心石家庄分中心,农业农村部
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为了开发稳定可靠、操作简便的大豆分子标记,以12份地理来源不同的大豆种质资源为材料,通过基因组10倍深度重测序开发长片段插入/缺失(InDel)标记,并应用2018年黄淮海大豆多点鉴定96份参试品系DNA指纹图谱构建.结果表明,在参试材料中,共检测到插入/缺失片段长度大于20 bp的InDel标记66561个,平均每条染色体InDel标记的数量为3262个;位于内含子的InDel占比12.35％,位于基因上游序列和下游序列的InDel占比分别为25.83％,20.44％,位于基因间隔区的InDel占比34.39％,位于外显子的InDel占比0.19％,位于5′-UTR和3′-UTR的InDel占比分别为0.93％和1.51％;片段长度介于20～40 bp的InDel数量为42453个,41～60 bp为13044个,61～80 bp为5034个,81～100 bp为2285个,大于100 bp为2413个;从检测到的66561个InDel位点中,根据插入/缺失片段长度,在基因组中随机选区160个InDel位点,利用引物设计、PCR和琼脂糖凝胶电泳等技术,在55℃的退火温度条件下,开发出32个有且仅有2个等位变异、基于1％琼脂糖凝胶电泳技术易于分辨的长片段插入/缺失标记.应用新开发的32个标记,构建了2018年黄淮海大豆多点鉴定96个参试品系DNA指纹图谱,参试的大豆材料纯度为96.84％,没有同物异名现象发生.研究开发的InDel标记稳定可靠、操作简便,可应用于大豆DNA指纹图谱构建、种子纯度检测等工作.
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