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高校是科技创新的源泉和强劲动力，在国家创新体系中占据独特而重要的地位；对科研论文产出的评价是高校科研管理和科学计量研究的重要内容。借鉴武汉大学中国科学评价研究中心的学术期刊分级结果，提出将非学术论文界定为负产出指标（投入指标）；根据论文是否被统计源期刊收录和是否在非学术期刊上发表，建立了高校科研论文产出的评价指标体系。利用超效率数据包络分析模型（SE—DEA）对某高校10个学院的科研论文产出进行了评价。结果表明，基于SE—DEA的科研论文产出评价模型可以应用于科研绩效的横向比较，也可以用于建立高校科研绩效