基于创新价值链视角,将高校创新过程划分为知识创新、科研创新、技术转让三个阶段,并采用随机前沿分析方法(SFA)考察了我国理工农医类高校科技创新活动中各阶段创新效率及区域差异。研究发现,我国理工农医类高校整体知识创新效率为0.498,科研创新效率为0.547,技术转让效率为0.570,三种创新活动效率均较低,分别还有50.2%、45.3%、43%的效率提升空间。各省份高校之间的知识创新效率、科研创新效率、技术转让效率存在明显差异。东部地区高校各阶段创新效率明显高于中西部地区,西部地区高校除科研创新效率高于中部地区外,其他阶段创新效率均低于中部地区。依据实证研究结论,通过建立"知识创新-科研创新"、"科研创新-技术转让"效率二维矩阵,将25省市理工农医类高校创新效率模式划分为四种类型:三种创新活动效率均高于全国平均水平,三种创新活动效率中两种高于全国平均水平,一种低于全国平均水平,三种创新活动效率中两种低于全国平均水平,一种高于全国平均水平,三种创新活动效率均低于全国平均水平,我国理工农医类高校科技创新效率提升路径表现为三种不同路径:单边突破式、扬优扶劣渐进式、突破式。