利用科学的方法把土壤中的有益微生物分离出来，经过人工选育和繁育，制成各种生物菌剂，作为肥料施入土壤当中，这类肥料称为微生物肥料，也叫菌肥。
　　目前，我国在生产上应用的微生物肥料主要有根瘤菌肥料、固氮菌肥料、解磷菌肥料、解钾菌肥料、复合微生物肥料。所谓复合微生物是指微生物与其他微生物或一定的营养物质复合配制而成，能提供多种微量元素，复合型微生物肥料科技含量高、养分齐全、效力强劲、持续稳定作用效果明显，有着巨大的潜力和空间。
　　同化肥相比，生产微生物肥料不仅没有环境污染，还可以节约能源。微生物是可再生资源，而化学肥料使用的原料是煤炭、石油、天然气等不可再生资源。
　　1.有效功能活菌数是微生物菌肥的关键
　　微生物菌肥是一类含有生命活力的微生物活菌制剂，具有固氮、解磷或解钾，促进作物营养元素的吸收和利用，提高化肥利用率的功能。微生物肥料，能有效恢复地力，降低土壤板结、提高土壤肥力，增强作物抗逆性，增加土壤中有效养分。微生物能够分泌激素类物质，从而提高作物对养分的吸收利用，促进作物生长，增强作物的抗逆性。这是生物肥料促进作物增产及改善作物产品品质的基础。微生物菌肥发挥功效的关键在于其所含微生物有效活菌的数量。农业部标准规定，菌肥粉剂类有效活菌数不低于2亿/g，生物肥（大肥类）有效活菌数不低于2000亿/g。而增产作用是多种效应综合作用的结果。微生物肥料能够刺激作物生长及防病和改善土壤结构的作用，是普通化学肥料所不具备的特有功效。施用微生物肥料是对作物根际微生态系统进行调控的一种农业技术措施。其内含的多种功能性微生物进入土壤后，除固氮、解磷、解钾功能外，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成，使土壤变得疏松、绵软、保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，减少土壤板结，为农作物提供舒适的生长环境。而土壤理化性状的改善，增强了土壤有益微生物的活动，从而促使有机物分解转化，有的还产生多种营养物质和刺激性物质，这些物质反过来又刺激微生物的生长发育，分泌更多的有益物质，促进作物生长，最终达到增产增收的目的。
　　2.微生物菌肥的技术来源和技术背景
　　微生物菌肥的技术研发需要一个很长的阶段，因为微生物肥料的作用机理不同于化肥，其试验推广的周期很长，有很多不确定的因素可能导致产品质量难以过关，比如有的产品三、四年后仍有很高的菌数，而有的产品，包括个别进口产品，一年半或更短时间内有效活菌数就只有几千万了。咎其原因是微生物肥料的“核心”——功能菌种需要不断地提纯复壮，一旦功能退化，效果就不行。所以，只有一些较规范的厂商才有条件长期进行筛选和提纯复壮工作，这就是为什么国家规定微生物菌肥从申办临时登记证到转为正式登记证，期间要隔3年的重要原因。