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采用改良的3×CTAB法提取荷花品种笛女、国庆红、红苔莲的叶片、叶柄和花不同部位的DNA,并对提取的DNA进行琼脂糖凝胶电泳检测、纯度检测和ISSR分析。结果表明,除叶柄中提取的DNA效果不理想外,其余从叶片、花中提取的DNA纯度高、得率高,OD260/280比值在1.80左右,OD260/230比值在2.01左右。以红苔莲的花为试材,对改良的3×CTAB法提取基因组DNA的参数进行正交试验,选出提取DNA的最优组合。通过荷花基因组DNA的ISSR分析,完全满足实验要求。