【摘 要】
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目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)在结直肠癌(CRC)中的表达特征及其对患者生存预后判断的潜在价值。方法下载肿瘤基因图谱(TCGA)中CRC相关的RNA序列(RNA-seq)数据,进行lncRNA表
【机 构】
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南方医科大学珠江医院重症医学科,中国人民解放军南部战区总医院干部病房五科,广州市第一人民医院南沙医院普通外科,广东省人民医院南海医院普通外科
【基金项目】
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广东省自然科学基金(2015A030310021);华南理工大学中央高校基本科研业务费专项基金(2018MS21)
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目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)在结直肠癌(CRC)中的表达特征及其对患者生存预后判断的潜在价值。方法下载肿瘤基因图谱(TCGA)中CRC相关的RNA序列(RNA-seq)数据,进行lncRNA表达差异、功能、通路富集、调控网络及lncRNA-mRNA共表达分析,同时分析lncRNA差异表达对CRC患者预后的影响。结果对TCGA 453个CRC临床样本数据进行分析,提示有119个lncRNA存在差异性表达,lncRNA和编码基因存在共表达关系,对基因富集性分析发现,lncRNA参与细胞的多个生物学行为;16个lncRNA对患者生存预后显著相关,其中3个lncRNA BVES-AS1、HAND2-AS1和MAMDC2-AS1为关键lncRNA,可作为预后判断的标志物,同时与mi RNA、coding gene存在紧密的调控网络。结论 lncRNA在CRC中存在差异性表达,起着重要的调控作用,在CRC患者诊断、靶向治疗及预后判断方面具有潜在的应用价值。
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