【摘 要】
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日本蛇根草(Ophiorrhiza japonica)具有很好的观赏价值和药用价值,但基因组信息相对缺乏,导致其分子生物学和基因功能的研究受到限制.为了获得和挖掘日本蛇根草的基因数据和
【机 构】
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贵州师范大学生命科学学院,西南喀斯特山地生物多样性保护国家林业局重点实验室,贵阳,550001;贵州师范大学生命科学学院,西南喀斯特山地生物多样性保护国家林业局重点实验室,贵阳,550001;贵州师范
【基金项目】
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国家自然科学基金与贵州省喀斯特科学研究中心联合基金(U1812401);国家自然科学基金(31560184, 31300317, 31760076);贵州省科技合作计划项目(2019[1237], LH- [2017]7374, LH-[2015]7764);贵州师范大学博士科研启动基金(No. 11904/0518046, 11904/0514016)共同资助
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日本蛇根草(Ophiorrhiza japonica)具有很好的观赏价值和药用价值,但基因组信息相对缺乏,导致其分子生物学和基因功能的研究受到限制.为了获得和挖掘日本蛇根草的基因数据和功能,本研究利用日本蛇根草RNA-seq转录组数据进行分析,总共产生8.48 GB数据;对所有单基因在KEGG通路数据库进行分析,共有131 913个单基因被分配给KO(KEGG orthology),并定位到20个二层通路129个不同的通路.Unigene功能注释,获得GO分类条目134 644条Unigenes;获得COG注释Unigenes 67 961条,其中通用预测Unigenes最多.在28 483条单基因簇中获得37 070个简单重复序列(SSR),出现频率为16.25％,发生频率为12.49％,其平均长度为20 bp.通过设计进行筛选获取20 379对SSR引物,随机筛选50对引物进行验证证明SSR引物具备有效性,日本蛇根草SSR位点具有较高的多态性潜能,对遗传多样性的鉴定具有潜在的开发价值.综上所述,本研究提供了有价值的基因研究和分子研究的信息来源,将为功能基因的克隆、基因表达、分子标记开发和遗传多样性研究提供帮助.
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