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平衡剖面技术是一种按照几何守衡原则而建立的地质剖面正演方法，是一种构造变形恢复的重要手段。研究中采用了Geosec软件对焉耆盆地9条构造剖面进行了复原和地层伸缩量计算。结果表明，燕山早期焉耆盆地处于弱挤压状态，构造变形量相对较小，而主要的变形量集中于燕山晚期和喜山期，并且喜山期变形稍弱于燕山晚期。平面上盆地西部变形量较大，东部变形量较小。盆地中、新生代的演化划分为3个主要阶段：燕山早期弱挤压与同生变形阶段，燕山晚期强烈挤压阶段，喜山期对冲挤压阶段。