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21世纪是崇尚多元合作的新经济时代,社会发展呈现综合化、集成化态势,跨学科合作已成为解决社会发展重大问题和科技发展前沿问题的有效途径。审视现阶段我国硕士研究生培养情况,跨学科合作面临重重困境:基于学科的学术组织架构、“壁垒式”人才培养格局、合作意识淡薄、导师“经济人”利益驱使、激励机制支撑力度不足。高校应从文化氛围、人才培养、师资队伍、教学方式与激励机制等方面为跨学科合作扫除障碍,提升硕士研究生的创新能力。