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基于自然进化原理的遗传算法是一种解决岩土工程复杂非线性问题十分有前景的方法。然而遗传算法容易陷入局部收敛，对遗传算法进行改进加入退火因子解决了这一问题。软土地基沉降受众多因素的影响，在时序上表现出复杂的非线性特征。针对木兰溪防洪工程的沉降预测问题，运用MATLAB编写模拟遗传退火算法程序进行了预测分析。计算结果与实测资料基本一致，它在全局优化、非线性优化、多参数优化等方面表现出了传统算法无法比拟的优势。