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提出了一种基于加权最小二乘法的从时钟频率自补偿算法。该算法采用从时钟频率自补偿算法解决了每两次PTP同步之间时钟漂移偏差逐步扩大的问题，并引入加权最小二乘法来求取频率自补偿算法中的动态补偿值。该算法在以AlteraCycloneⅡFPGA为主控芯片的开发平台上通过了验证，测试结果表明，算法的引入显著提高了FTP的同步精度，同步精度达到1μs。