种植在不同生态区的烟草具有不同的香型。但香型物质形成在蛋白组水平的分子机制尚不清楚。本研究用基团标记技术(iTRAQ)对种植在两个不同生态区的烟草主要生育时期叶片中蛋白质的表达进行定量研究及生物信息学分析。结果表明:在鉴定到的2005个蛋白中,有291个在两个生态区烟草4个重要生长发育期叶片中的表达有显著差异,团棵期、旺长期、现蕾期和生理成熟期差异表达蛋白的数目分别为:64、65、90、72。这些差异表达蛋白质主要位于细胞基质、细胞组分以及细胞器中,主要参与代谢过程、细胞组成以及对外界刺激的应激过程;参与光合作用、次生代谢途径的蛋白质在两个生态区的生理成熟期烟叶中的表达差异显著。这暗示不同生态区的烟草叶片蛋白组表达模式不同,参与光合作用和次生代谢物质生物合成相关蛋白质的差异表达,导致不同生态区的烟叶中形成不同的香型物质。