我国从美国、俄罗斯、日本等26个国家或地区共引进大豆种质3218份,仅对部分种质进行了大豆胞囊线虫病(Soybean cyst nematode,SCN)、大豆花叶病毒病(Soybean mosaic virus,SMV)和盐敏感性的抗性鉴定,但基因型的系统分析尚未见报道。本研究针对大豆抗胞囊线虫病3个基因(rhg1、Rhg4、SCN3-11)和耐盐基因(Gm SALT3)开发KASP标记5个,结合与大豆花叶病毒抗性相关的1个SCAR标记(SCN11),对1489份大豆引进种质进行基因型鉴定。结果表明,具有优异等位基因的种质共1084份;携带3个位点优异等位基因的种质19份,包括抗胞囊线虫病3个位点(rhg1、Rhg4、SCN3-11)叠加(Peking型)种质3份,聚合抗胞囊线虫病基因和抗花叶病毒病标记7份,聚合抗胞囊线虫病和耐盐基因2份,聚合抗胞囊线虫病、抗花叶病毒病和耐盐基因7份;携带4个位点优异等位基因的种质9份,包括聚合抗胞囊线虫病基因和抗花叶病毒病标记6份,聚合抗胞囊线虫病和耐盐基因2份,聚合抗胞囊线虫病、抗花叶病毒病和耐盐7份;携带5个位点优异等位基因8份,聚合了抗胞囊线虫病、抗花叶病毒病和耐盐优异等位变异。在这些携带优异等位变异的种质中,44份已由前人证明具有相应的抗性。携带3个或3个以上优异等位基因的36份种质中,有52.78%种质的一种或两种特性已被报道。在不携带抗性优异等位变异的种质中,93份已证明有耐盐性或对SMV3号株系抗性,这些种质可能存在新的抗性(等位)基因。本研究利用高通量分子标记筛选出的携带抗病、抗逆优异等位基因的种质为我国大豆资源表型鉴定、抗源的快速筛选及利用提供理论依据和新思路。