细菌和酵母基因组中ORF结构特征的统计分析

来源 :华中科技大学学报：自然科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：yuyuxinmi

【摘要】

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将第一ATG规则用于细菌Hpyl,Hpyl99,E.coli,Aero,Tmar和Yeast基因组中,并用给出ORF(包含已知基因编码区)进行检验,其结果对以ATG起始的ORF序列正确率皆为89%以上.将五种细菌

【作者】

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胡秀珍李宏

【机构】

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内蒙古工业大学物理系,内蒙古大学理工学院

【出处】

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华中科技大学学报：自然科学版

【发表日期】

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2003年5期

【关键词】

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第一ATG规则ATG和非ATG起始的密码子终止密码子的偏置基因组 the first ATG rule start codon terminal cod

【基金项目】

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国家自然科学基金，内蒙古自然科学基金

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将第一ATG规则用于细菌Hpyl,Hpyl99,E.coli,Aero,Tmar和Yeast基因组中,并用给出ORF(包含已知基因编码区)进行检验,其结果对以ATG起始的ORF序列正确率皆为89%以上.将五种细菌和酵母基因组中给出ORF分成第一种(已确定的编码序列)和第二种(还未确定为编码序列的)ORF,并计算L-Ter到第一ATG的平均距离.分析了五种细菌和酵母终止密码子在L-Ter位置和Ter位置上的使用频率,发现在Ter位置上终止密码子使用的偏置程度比在L-Ter位置上大.

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