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随着市场经济发展，政府对于科研创新项目的关注度和资金投入日益提高。科研经费支出占国家财政支出的比例逐年提高，目前已经成为了各行政事业单位进行重点项目研发的主要资金来源。但是，从目前各行政事业单位科研资金的使用现状来看，存在专项资金支出不规范的现象。对此，本文对目前行政事业单位科研资金使用现状及存在的问题进行了分析，并提出了相应的监管措施。