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分子生物学技术，近几年来已在鱼类分类学上开始应用，受到国内外鱼类学分类学家的重视。过去鱼类分类学研究一般采用形态学分类法，此方法简单直观，易于掌握。研究个体差异较小时，按照形态结构进行分类，易造成分类学上的错误。随着分子生物学技术的发展，在鱼类分类研究中也逐步得到广泛应用。用分子生物学技术进行鱼类分类，概括为以下几种：