面对21世纪的经营环境,创新必将成为中国经济增长新的源泉。企业是R&D创新的微观主体,但学者们研究发现中国企业普遍不重视R&D投资。因此,本文尝试从企业微观层面和财务视角出发,探索中国上市公司R&D投资不足的原因何在。本文将企业的能力理论和契约理论予以结合,理论分析认为良好的权力制衡和利益分配机制将有助于优化公司R&D资源配置,以公司治理机制为核心的企业制度创新对R&D投资有着根本性的影响。在经验研究部分,本文以来自中国上市公司1999～2006年的数据为样本,实证检验了以公司内部治理机制为核心的微观因素对公司R&D投资强度的影响及其经济后果。研究发现:(1)控股股东持股比例、外部股东的股权制衡、董事会特征、高管个人及团队特征、公司财务特征、生命周期等因素都对R&D投资有显著的影响,其影响力因公司控股股东性质的不同而有差异:(2) R&D投资对公司盈利能力的显著正向作用只能持续三年左右,有助于降低公司代理成本的机制将有助于提高R&D投资绩效。本文最后认为在公司可持续发展战略导向下,完善企业制度建设,是实现公司R&D资源合理配置的有效保障。本文的特色在于理论分析的视角和新数据的使用,即将我国上市公司不同的产权属性、治理特征与公司R&D投资倾向纳入同一框架进行分析,并建立了一个中国上市公司R&D投资数据库。