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近年来,国家加强了对科研创新的重视,加大了对高校科研经费的投入。与此同时,与高校科研经费管理相关的一系列问题也随之产生。文章以此为研究背景,结合工作实际和以往的研究成果,总结了当前我国高校科研经费管理中存在的问题,结合内部控制的原理,从财务管理目标视角分析问题产生的原因,并提出了解决的途径和建议,运用内部控制的手段实现财务管理的目标,以及内部控制在高校经营管理中的有效应用,旨在提高高校科研经费的使用效益,使高校在国家的创新体系中发挥更加重大的作用。