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本文采用部属高校2010-2016年科研经费投入与产出数据实证检验了预算机制特征与经费使用效率的关系。研究发现,高校预算机制的优化有助于高校经费使用效率的提升;采用精细化的预算量化控制机制更有利于预算管理机制对经费使用效率的提升;相比于增量预算,零基预算模式更有助于提升高校经费使用效率。本研究扩展了高校经费决定机制与影响因素的研究,对于高校预算管理制度与经费配置机制的建设具有一定的启示意义。