【摘 要】
：
植物糖类转运蛋白家族中GLT (Glucose transporter)是介导葡萄糖跨膜运输的重要载体.开展苦荞葡萄糖转运蛋白(FtGLT)的生物信息学研究,可为进一步探索FtGLT调控生长发育与产量形成提供科学参考.通过基因注释与序列比对分析,在苦荞转录组测序数据库中筛选到6个GLT同源基因.FtGLT序列在2167～9707 bp间,编码94～558个氨基酸残基.FtGLT蛋白间序列的一致性达到43.44％,说明苦荞FtGLT蛋白序列相对保守.除FtPinG68303.01外,其余5个FtGLT蛋白可
【机 构】
：
贵州师范大学生命科学学院,养麦产业技术研究中心,贵阳,550001
论文部分内容阅读
植物糖类转运蛋白家族中GLT (Glucose transporter)是介导葡萄糖跨膜运输的重要载体.开展苦荞葡萄糖转运蛋白(FtGLT)的生物信息学研究,可为进一步探索FtGLT调控生长发育与产量形成提供科学参考.通过基因注释与序列比对分析,在苦荞转录组测序数据库中筛选到6个GLT同源基因.FtGLT序列在2167～9707 bp间,编码94～558个氨基酸残基.FtGLT蛋白间序列的一致性达到43.44％,说明苦荞FtGLT蛋白序列相对保守.除FtPinG68303.01外,其余5个FtGLT蛋白可能位于内质网.结构分析发现,苦荞FtGLT蛋白具有数量不等的跨膜结构域,这与其结构中α-螺旋数量密切相关.基于转录组测序,鉴定到3个FtGLT显著差异表达基因,均在出苗后15d高表达,其余3个基因表达量在5、10和15d变化较小,推测不同FtGLT基因在茎发育过程中的功能可能存在差异.相关性分析发现,FtPinG68303.01与FtPinG50279.01呈极显著负相关;FtPinG83070.01与FtPinG89831.01和FtPinG72784.01,FtPinG89831.01与FtPinG72784.01呈极显著或显著正相关,这可为进一步研究苦荞FtGLT相互间的功能及其调控葡萄糖运输的分子机制提供依据.
其他文献
本研究利用不同浓度的K+ (KCl)溶液对\'青黑杞1号\'的组培幼苗进行处理,检测和分析与K+通道相关的基因在黑果枸杞中的表达模式.采用RT-PCR等方法,分析在不同浓度K+条件下,枸杞中K+通道相关基因的表达量的变化情况.结果 显示:(1) 100、250和300 mmol/L K+处理后,黑果枸杞中K+通道相关基因的表达水平较低;(2)当外界K+浓度大于300 mmol/L时,部分基因的表达量上升,随着外界K+浓度的继续增加,黑果枸杞的KCO1B基因表达水平先下降后上升,而Cluster-1
为了获得珍贵用材树种大花序桉顶芽转录组数据及预测关键基因功能,本研究基于Illumina HiSeqX Ten测序技术获得大花序桉顶芽转录组原始数据,经Trinity组装拼接获得高质量Unigene,并与NR、Swiss-Prot、GO、KOG、eggNOG和KEGG等生物信息数据库进行序列比对和功能注释,利用MISA软件进行SSR位点搜索和分析.从大花序桉顶芽中共获得26 587条高质量Unigene,平均长度为1 279.69 bp;共有22 099条Unigene至少在一个数据库中被成功注释,其中,
ASR基因(脱落酸,胁迫,成熟诱导基因)普遍存在于种子植物中,多以基因家族的形式存在,作为糖、脱落酸(abscisic acid,ABA)和胁迫信号通路的共同成分,在植物生长发育、果实成熟和抵御胁迫等方面发挥着重要的作用.为了探究ASR基因家族在藜麦中发挥的功能,本研究在藜麦全基因组数据和蛋白质组数据中查找到19条ASR基因,其编码氨基酸数目在98～235 aa之间,分子量介于11 015.73～24 485.48 kD之间,等电点在5.04～9.96之间,除XP_021735625.1之外,所有序列均含
皂苷物质是“参”中重要的营养物质之一,鲨烯环氧酶(squaleneepoxidase,SE)在催化皂苷物质合成中有着重要作用.本研究以\'黑田五寸\'胡萝卜为材料,克隆出DcSE基因.结果表明,DcSE 的基因片段长度为1 896bp,可编码氨基酸长度为631 aa;其核苷酸序列与公布的胡萝卜基因序列同源性为99.58％,存在8个位点差异;推导的氨基酸序列与公布的胡萝卜该氨基酸序列同源性达99.21％,存在5个位点差异,预测为亲水性蛋白.分子进化树分析表明,DcSE与伞形科的芹菜、欧芹进化距离较近
抗坏血酸氧化酶(AAO)是一种多功能的酶,在调节植物发育过程和应激反应方面发挥重要作用.本研究以水稻抗坏血酸氧化酶基因OsAAO2为靶序列,在葡萄、小麦、水稻等物种中鉴定出23个AAO成员,分析其染色体定位、预测蛋白理化性质和二级结构、亚细胞定位、保守基序并且构建系统发生树.结果表明,AAOs在理化性质上有很大的差异,如分子量和理论等电点(pI),但在N端都含有信号肽;AAO家族蛋白富含碱性氨基酸,均为亲水性蛋白;蛋白的二级结构主要是无规则卷曲和延伸链;保守基序分析发现,AAOs蛋白较稳定,具有很强的保守
为探究化香属植物叶绿体基因组密码子使用特征,本研究利用CodonW、CUSP和SPSSAU软件分别对圆果化香和化香两种化香属植物的叶绿体基因组密码子使用模式进行分析.结果表明:圆果化香和化香叶绿体基因组蛋白编码序列的GC含量分别37.75％和37.80％,密码子第3位碱基GC含量分别为27.16％和27.25％.有效密码子数在35.19～56.98之间,超过2/3的基因ENC值大于45,表明密码子偏好性较弱.中性绘图、ENC-plot绘图和PR2-plot绘图分析.结果表明:化香属叶绿体大部分基因的密码子
MYB是植物重要的转录因子,对果实的发育发挥重要的作用.本研究基于芒果果实和叶片转录组数据,运用Nr、Swiss-prot和Pfam数据库进行Unigene的功能注释,共鉴定得到125个MYB家族转录因子,其中包含4R-MYB (1)、R1R2R3-MYB (1)、R2R3-MYB (51)、R1-MYB (8)和atypical-MYB (64).通过在线数据库分析表明具有R重复区的共61个MYB蛋白中大部分属于亲水性蛋白,且均不含有信号肽和跨膜结构,亚细胞定位于细胞核.序列比对和进化树分析表明:芒果M
为了克隆荸荠AGPase大亚基基因(EdAGPL1)cDNA序列,分析其序列结构特征及其在荸荠不同组织和球茎发育过程的表达情况.以荸荠\'桂林马蹄\'为研究材料,通过RT-PCR技术克隆得到EdAGPL1基因并对其进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR技术分析其不同组织和球茎发育过程的表达情况.结果 表明,克隆获得EdA GPL1基因长度为1744 bp,其开放阅读框为1599 bp,编码532个氨基酸,蛋白质分子质量为58.84 kD,等电点为7.54,具有NTP transferase和P
以4年生健康西洋参根际土壤(healthy ginseng soil,HS)和患根腐病西洋参根际土壤(root rot gin-seng soil,RS)为研究对象,采用基于气相色谱-飞行时间质谱联用技术(GC-TOF-MS)的代谢组学方法分析根际土壤差异代谢产物.RS vs HS组共筛选到13个具有显著性差异(P＜0.05)的代谢产物,其中包括9种有机酸、3种糖类和1种萜类.与HS组相比,RS组中二十四烷酸、棕榈酸、巴豆酸、苯甲酸、油酸、十七烷酸、壬二酸、水杨酸和儿茶酸的水平显著升高(P＜0.05),而
为探究灯盏花Eb14-3-3基因表达特征,本研究从灯盏花基因组数据库中克隆了拟南芥同源基因灯盏花14-3-3v序列信息,利用生物信息学方法对该蛋白的功能和活性位点进行预测,通过荧光定量PCR分析在非生物胁迫条件下该基因的表达变化.结果表明,Eb14-3-3的ORF序列长804 bp,编码267个氨基酸;该蛋白的分子量和理论等电点分别为65 296kD和5.16.Eb14-3-3蛋白序列中富含磷酸化位点,为一个非分泌型蛋白,并且在其结构中无跨膜结构域.二级结构分析显示有156个α-螺旋,47个片层延伸,9个