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在突触发生时期，酒精诱导的神经元凋亡可能是胎儿酒精综合征产生的原因之一。酒精可能通过增加自由基的产生，影响神经递质受体的功能、干扰神经营养因子信号通路、激活内源性的细胞凋亡信号途径等分子机制，促进发育过程中的神经元凋亡。酒精影响发育的另一个重要机制是抑制蛋白质合成。新近的研究显示，双链RNA激活的蛋白激酶介导酒精引起的蛋白翻译受阻和神经元死亡。