目的用共表达网络的系统生物学分析炎症性肠病(Inflammatory Bowel Disease,IBD)主要包括溃疡性结肠炎(Ulcerative colitis,UC)和克罗恩病(Crohn’s disease,CD)的生物学功能,为疾病机制研究和药物开发提供重要信息。方法本文以公共数据库中的212个IBD RNA-Seq数据为对象,用权重基因共表达分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)方法构建其基因共表达网络,数据库注释、可视化和综合发现(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery,DAVID)工具分析模块数据,并利用药物处理基因表达谱数据库(Connectivity map,CMAP),对可能的治疗药物进行筛选。结果 (1)共鉴定出12个具有生物学意义的共表达基因模块,模块的功能与免疫应答、血管生成、转录、翻译、能量代谢等生物学过程相关,并挖掘出每个模块的关键节点基因;(2)发现UC和CD间在胺基糖代谢、O-Glycan合成、血管生成、B细胞受体信号通路上有显著差异;(3)挖掘出12种潜在治疗药物。结论本文首次鉴定出IBD基因功能模块,这些模块可能代表疾病的主要特征,为疾病机制研究和药物开发提供重要理论依据。