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随着高校会计制度的快速发展，高校财务管理与核算信息化建设成为改革的方向，为实现资金“预算、核算、决算”一体化的总体目标，本文在分析新疆高校财务管理与核算信息化实施现状的基础上，针对新疆高校财务管理中信息化认识不到位、财务人员队伍建设不合理、财务管理软件滞后等问题进行分析，对会计日常核算工作一体化、科研经费管理与核算一体化、财务核算与合同管理一体化、薪酬个税管理一体化方面提出了改进的具体对策。