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朱氏在伤寒辨证论治中，注重以表里定位，以阴阳为纲，以脉证合参为据。辨别表里强调疾病的病机病理，并结合其兼证、类证、病程、病性、病势、转归等各个方面综合分析，分清疑似，灵活运用；辨别阴阳提出“七表属腑，病在于阳”、“八里属脏，病在于阴”，强调阴阳二证在一定条件下可以相互转化；对疑似证的辩证强调只有详辨脉象，才不致辨误。