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随着科技体制、经济体制改革的不断深入及全球科技经济一体化进程的加快，国家政府机构改革的步伐不断加大，国家工程研究中心赖以生存与发展的空间发生了重大变化，因此，国家计委提出，国家工程研究中心必须转变运行机制，实行体制创新，以更好的适应变化着的环境。国家工程研究中心转制后如何实现国家目标与观念创新、技术创新、管理创新以及运营机制的关系，进一步探讨转制后的科技经济实体健康发展，最终实现国家目标。