传统的委托一代理理论考察的是不存在职能分工和多层结构的简单组织。而在复杂组织中,代理人个人总是在组织内的不同部门中,组织内的职能分工和部门设置在很大程度上已经内生地决定了代理人的行为指向,使得代理人的行为信号难以评判。本文将组织结构引入委托一代理模型,在分析现有文献存在问题的基础上,构建了一个把组织结构作为内生变量的双代理人模型,说明了组织结构、代理人努力和组织产出三个变量之间的关系。模型结论表明,在激励强度不变的情况下,通过改变组织结构来协调不同代理人的努力,能够增加组织产出;特别是当代理人努力的计量成本很高时,通过组织结构变革,用一种组织结构代替另一种组织结构,从而用一种计量考核方式代替另一种计量考核方式,可以降低组织内的计量考核成本,提高投入效率。该理论模型能够从国务院对铁路运输管理部门的设置、铁路运输行业组织结构和铁路运输企业组织结构等三个层次为中国铁路运输组织结构设计问题提供新的分析视角、做出理论解释。最后,基于该模型视角下对中国铁路运输组织结构分析的结论,提出相应的政策启示。