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全球经济的发展必然经历工业化和城市化。在城市化过程中，不可避免地产生工业和生活垃圾。这些垃圾不仅污染土地，也污染河流和湖泊，特别在湖泊和港湾中，由于水流速度变缓，污染物容易随着沉积物沉淀下来。又由于气候变化和人类活动，湖泊和港湾的沉积物会再次释放污染物而污染水体。这些污染物主要是过量的氮、磷、有毒有机物和重金属，由于经济和人文环境的不同，在不同地区污染程度有差异，目前在发展中国家较为严重。针对这些污染，人们用机械的、化学的和生物的方法来治理湖泊和港湾的污染，但根本上要从源头控制污染——减少污染物的排放。