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1999年，吉首大学获得多项科研成果奖，其中国家级奖3项，即“首届全国百强社科学报”及“全国优秀高校自然科学学报三等奖”、“国家体育科技进步三等奖”，获得“湖南省社会科学优秀成果优秀奖”三项，获得省委宣传部“理论报刊编辑优秀创作成果一等奖”一项，获得省教委“科技进步二等奖”一项。同时获得“第三届科技兴州奖”和“州科技进步一等奖”两项。这些获奖的成果为吉首大学带来了创历史水平的科技成果丰收年。