鲤科是鱼类最大的科,在中国淡水鱼类组成中鲤科鱼类的成分占一半以上.鲤科鱼类的演化过程代表了东亚淡水鱼类的整体演化过程.为探讨东亚鲤科鱼类系统发育关系,共分析了包括18种新测序列在内的54种鲤科鱼类细胞色素b基因的全序列.分析的物种涵盖了鲤科鱼类的12个亚科并对问题较多的亚科(Danioninae)和雅罗鱼亚科(Leuciscinae)进行了广泛的采样.系统发育树的建立使用了多种方法,包括邻接法、最大简约法和最大似然法.亚口鱼科(Catostomidae)的胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)被指定为外类群,3种方法所得结果非常相似,并支持一些亚科的单系性,如鲌亚科(Cultrinae)、鯝亚科(Xenocyprinae)、鮈亚科(Gobioninae)(包括鳅鮀亚科Gobiobotinae).从分子水平上证明亚科不是一个单系类群,雅罗鱼亚科被分为两个互不相关的类群; 东亚雅罗鱼群与鲌亚科和鯝亚科形成一单系类群; 而欧洲、西伯利亚、北美的雅罗鱼形成另一个单系群.Howes所定义的鲤亚科在NJ树和ML树中得到有力的支持并位于系统树的基部.高体鳑鲏(Rhodeus sericeus)代表的鳑鲏亚科的系统位置没有得到解决.显示鲤科鱼类可分为3个大的类群并与其3个进化阶段相对应: 老第三纪类群包含亚科的东南亚种类和Howes的鲤亚科; 北方冷水性类群包含北方雅罗鱼、鮈亚科和鳑鲏; 东亚类群包含鲌亚科、鯝亚科、雅罗鱼东亚种类和亚科东亚种类.老第三纪类群代表鲤科鱼类的原始阶段,北方冷水性类群对应于鲤科鱼类对全球变冷的反应,而东亚类群则显示青藏高原急剧隆升后,在东亚季风气候条件下鲤科鱼类的大量分化.