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目的 比较藏药“藏茵陈”原植物川西獐牙菜及近年市场出现混淆种类的ITS序列，为分子序列鉴定提供参照系统并为寻找新的药用植物来源提供分子证据。方法 利用PCR扩增和ABI377自动测序。结果 川西獐牙菜不同居群间的序列相同，与其混淆种类之间存在一定的分子序列差异，有其特定的分子序列；利用Paup程序聚类分析表明川西獐牙菜与抱茎獐牙菜聚在一起。结论 ITS序列可正确鉴定川西獐牙菜与其混淆种类，他们之间的分子序列差异为进一步设计特异性分子鉴定试剂盒提供了科学依据；抱茎獐牙菜可考虑作为“藏茵陈”药材的新植物来源。