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全谷物食品的摄入对人体益处颇丰，诸多有益效果主要归因于全谷物食品中的各种功能性物质。全谷物摄入后，经胃肠消化及肠道微生物菌群发酵等作用，促使谷物中的有效成分转化为对人体健康具有调节作用的重要代谢物，对人体某些疾病产生有益的调控作用。诸多研究表明糖尿病、肥胖症、炎症性肠病及肠道癌变等多种疾病的发生与饮食和肠道微生物菌群有关。虽然上述病症与全谷物及肠道微生物菌群之间的关系研究尚未透彻，但近年来肠道微生物菌群与全谷物食品之间的互作及对相关调控基因表达的影响研究越来越深入，且越来越多的研究成果证实了全谷物在调节人体疾病方面的作用。本文主要综述了全谷物在调控上述疾病中的作用和分子机制相关研究成果，以为日后全谷物食品的深入研究及相关应用提供生物学理论依据及参考。