历史上，数量遗传学被认为是指导林木育种的唯一有效工具，这有两个方面的原因：第一，在林木上具有重要经济价值的性状，如树干材积生长、木材纤维长度及适应性等，均是以数量方式遗传的性状，并且控制这些性状的每一个过程是假设受微效多基因所控制的；第二，林木具有很长的世代间隔，很高的遗传杂合性和很高的遗传负荷，这些特性限制了一些经典的遗传材料，如近交系，突变体及特异类型的产生。然而，传统的数量遗传学方法用于指导林木育种的实践并不是完美无缺的。林木个体高大，占地面积大，且大多栽植在非农用耕地上，这样的环境异质性在很大程度上影响性状遗传力的提高，有些林木树种人工杂交比较困难，很难获得足够大的家系，从而产生不平衡的交配设计。Ｎａｍｋｏｏｎｇ 和Ｒｏｂｅｒｄｓ（１９７６） 认为，不平衡的交配设计很难获得准确的遗传参数估计。到目前为止，大多数成功的林木育种方案往往都是基于对表型的简单选择。这种表型选择不能利用林木固有的非加性效应，以及对异质环境的反应潜能，因而育种效果是极为有限的。分子标记技术为现代数量遗传学的发展提供了新的方向。通过利用中性标记与影响数量性状的位点（ＱＴＬ） 之间的连锁关系，人们已经提出了一套统计方法用来鉴定重要的Ｑ