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洪泽湖湿地资源丰富，由于人为不合理开发利用活动，水环境和水生生态存在压力，湿地面积不断减少，非法捕猎和围网养殖导致水生生物和野生动物生物多样性有所下降，非法采砂和水位抬高影响水生生态系统。洪泽湖整体水域总氮为Ⅴ类，总磷为Ⅳ类，其他指标基本达到Ⅲ类水质标准，处于轻度富营养水平，水环境问题仍然存在。针对水环境和生态问题，提出成立生态环境保护和资源开发利用统一管理机构、加强执法监督、完善监测体系、增强客水污染防治、开展水环境达标整治和湖泊生态修复、加大科技支撑能力等措施。