目的探讨实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)法检测新生儿巨细胞病毒(CMV)在不同标本类型中的阳性检出率。方法选取2015年1月至2016年6月该院收治的662例疑似感染CMV的新生儿作为研究对象,根据收集标本类型的不同分为尿液组(337例)、血液组(325例)。参照CMV检测的标本要求采集标本后,按照达安基因人CMV核酸定量检测试剂盒(PCR-荧光法)说明书进行检测。结果检测结果显示,新生儿CMV感染的总阳性率为7.40%,不同标本类型CMV阳性检出率存在差异,其中尿液阳性检出率为8.9%,而血液阳性检出率则为5.85%。新生儿尿液和血液CMV阳性感染拷贝数分布呈偏态分布,数据集中在103~105,几何均数分别为3.19×104、4.75×103,两者比较差异有统计学意义(P=0.024 6)。结论临床检测新生儿CMV感染,尿液标本优于血液标本检测,其阳性检出率更高,可更好地指导临床医生用药。