以郫县豆瓣不同发酵期的样品为原料,采用6种培养基分离,经过系统发育分析,共获得11个属的细菌(Bacillus、Oceanobacillus、Halomonas、Lactobacillus、Virgibacillus、Aidingimonas、Pantoea、Weissell、Enterobacter、Glycomyces和Gracilibacillus),其中芽孢杆菌属细菌种类最为丰富。Bacillus、Oceanobacillus、Halomonas、Lactobacillus、Virgibacillus、Weissella、Enterobacter和Gracilibacillus伴随于豆瓣发酵的整个过程,其中Bacillus、Oceanobacillus和Halomonas是郫县豆瓣发酵过程中的优势菌群,占可培养细菌总量的84.9%。郫县豆瓣细菌多样性丰富,并且存在着新的细菌种类,其中菌株XHU5999与已知同源关系最近的菌株Glycomyces halotolerans相似性仅为96%;菌株XHU5135与Aidingimonas halophila的同源性最近,相似性为97%。研究结果表明,郫县豆瓣在发酵过程中丰富的细菌种类和数量是随着环境变化而变化的,细菌在豆瓣风味形成过程中扮演着重要角色。