“十四五”时期， 我国生态文明建设进入了以降碳为重点战略方向、推动减污降碳协同增效、推进经济社会发展全面低碳转型的关键时期。通过经济结构转型和技术进步有效实施减排策略， 已经成为实现中国经济社会低碳转型发展的必然选择。基于数据包络分析（DEA）框架建模、满足经济理论和物料守恒原则， 利用改进的By-production （BP）技术对1997—2020年我国31个省份农业碳影子价格进行了更加准确的测度， 并利用核密度分析了农业碳影子价格动态演变特征; 并采用可行广义最小二乘法（FGLS）模型考察结构转型、技术进步选择对农业碳排放影子价格的影响。结果表明: 1) 我国农业碳影子价格呈上升态势， 东部、中部和西部地区农业碳排放影子价格分别为7759.69元·t-1、4192.35元·t-1和3997.51元·t-1， 且东、中、西部地区农业碳影子价格上升趋势依次降低。2)我国农业碳影子价格核密度值有增加趋势; 东部地区农业碳影子价格核密度曲线出现较为明显的右移趋势; 中部地区农业碳影子价格核密度曲线呈现左移-右移趋势， 且区域间差异在变大; 西部地区碳影子价格密度曲线呈现明显的向下、变宽趋势。3)整体回归显示， 结构转型、劳动节约型技术进步显著提升了农业碳影子价格， 而资本深化抑制了农业碳影子价格提升， 经济发展水平、农业经营规模、城市化水平及对外开放水平等对农业碳影子价格也会产生重要影响。4)东、中、西部地区部分样本回归显示农业碳影子价格影响因素有所差异， 结构转型在东部地区显著提升碳影子价格， 在西部地区却显著抑制了碳影子价格; 劳动节约型技术进步在东部抑制了碳影子价格， 而在西部显著提升碳影子价格; 资本深化在东、西部显著抑制碳影子价格， 在中部显著提升碳影子价格。为此， 提出持续推进产业结构转型、制定差异化绿色协调发展政策、适时建立农业碳排放交易市场等政策建议， 以促进农业低碳绿色高质量发展。