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DNA序列中核苷酸替代数的估计是测定基因间进化距离的数学统计方法，是研究基因进化的基础，由于DNA分子包含多种序列区域等原因，核苷酸序列的替代模式比较复杂．最基本的核苷酸序列替代模型是P-距离模型、Jukes—Cantor模型、Kimura两参数模型，在此基础上衍生出其它一系列模型，如Tajima-Nei模型、Tamura模型、Tamura-Nei模型等．这些数学模型在拟合DNA序列进化的真实度时各有特点．这些模型中都假定各个位点的核苷酸替代速率一致，但实际情况并非完全如此，而是核苷酸的替代速率近似地遵循