【摘 要】
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采用高通量测序法对二长棘鲷(Parargyrops edita)基因组进行高通量随机测序,从测序结果中搜索微卫星位点,根据搜索结果设计聚合酶链式反应(PCR)引物,并根据PCR产物质量对引物进行
【机 构】
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中国水产科学研究院南海水产研究所、农业部南海资源开发利用重点实验室,上海海洋大学水产与生命学院
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采用高通量测序法对二长棘鲷(Parargyrops edita)基因组进行高通量随机测序,从测序结果中搜索微卫星位点,根据搜索结果设计聚合酶链式反应(PCR)引物,并根据PCR产物质量对引物进行筛选,使用一个二长棘鲷野生群体对通过筛选的微卫星标记的种群遗传学特征进行评价。结果共获得二长棘鲷基因组拼接序列0.12Gbp,从中搜索得到侧翼长度≥250 bp的微卫星序列292条。根据微卫星序列搜索结果设计PCR引物40对,共有15对引物通过了筛选。标记种群遗传学评价的结果显示,表观等位基因数(A)分布范围为2~
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