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为了有效地利用蛋白质串联质谱数据，提高蛋白质鉴定的准确性，提出了一种基于信息论的蛋白质数据库搜索鉴定算法——ITPIA（information theory based protein identification algorithm）算法．针对多肽串联质谱质量低、噪音多等问题，ITPIA算法利用了信息论中的熵理论提出了一种有效的实验串联质谱和多肽的理论质谱的匹配打分算法．该算法更大程度上从多肽串联质谱中获得蛋白质的结构信息．实验结果表明，ITPIA算法有效地提高了蛋白质鉴定的准确性．