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用分子自动机模拟电子计算机是DNA计算领域内的重要内容，该文在对已有的模型进行分析的基础上，提出了模拟有穷自动机的分子自动机模型．在能读出转移路径的分子自动机模型中，巧妙地运用了酶HgaI的作用．在结果链中，如果能提出完整的双链分子，则从该链上能读出该分子自动机识别的字符串和转移路径．此外，将复杂的自动机分成了几个简单的自动机，从而减小了分子链因过长而破裂的概率．在此基础上提出了通讯自动机的思想．最后，对该自动机识别的语言进行了说明．