【摘 要】
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多序列比较是分子生物学中的一个基本问题,本文利用一种新型信息离散性度量方法——FDOD方法,将其应用于SARS病毒研究中,对SARS病毒与已知的三类冠状病毒的复制酶、M蛋白、N
【机 构】
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大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所,大连理工大学计算生物学和生物信息学研究所,中国科学院应用数学研究所,大连理工大学环境与生命学院 辽宁,大连,116024,辽宁,大连,116024,北京,10
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多序列比较是分子生物学中的一个基本问题,本文利用一种新型信息离散性度量方法——FDOD方法,将其应用于SARS病毒研究中,对SARS病毒与已知的三类冠状病毒的复制酶、M蛋白、N蛋白和S蛋白进行了进化分析,得出的系统发育树与现有的生物分析基本一致。同时进一步显示了FDOD方法的优点,数学基础好,不带有主观因素,能比较客观地度量生物序列间的差异,且计算过程简单快速,是分子进化研究的一种有效工具。
Multi-sequence comparison is a basic problem in molecular biology. In this paper, we use a novel method of information discreteness measurement-FDOD method to apply it to the research of SARS virus. The replication of SARS virus and known three types of coronavirus Enzyme, M protein, N protein and S protein were analyzed. The phylogenetic tree was basically the same as the existing bioanalysis. At the same time, the advantages of the FDOD method are further demonstrated. The mathematics foundation is good, and there is no subjective factor. The difference between biological sequences can be objectively measured, and the calculation process is simple and fast. It is an effective tool for molecular evolution research.
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